Personalizando bookmarks e diretórios padrão

Para alterar os bookmarks do gnome ubuntu altere o arquivo abaixo:

gedit ~/.gtk-bookmarks

Exemplo:
file:///home/aarvati/Documentos
file:///home/Data/Music
file:///home/Data/Pictures
file:///home/Data/Video
file:///home/Public Public
file:///home/Data/Softs Softs


Para alterar os diretórios padrão no gnome ubuntu altere o arquivo abaixo

gedit ~/.config/user-dirs.dirs

Exemplo:
# This file is written by xdg-user-dirs-update
# If you want to change or add directories, just edit the line you're
# interested in. All local changes will be retained on the next run
# Format is XDG_xxx_DIR="$HOME/yyy", where yyy is a shell-escaped
# homedir-relative path, or XDG_xxx_DIR="/yyy", where /yyy is an
# absolute path. No other format is supported.
#
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Área de Trabalho"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/Área de Trabalho"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/Modelos"
# XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/Público"
# XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documentos"
# XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Música"
# XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Imagens"
# XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Vídeos"
#
#
XDG_PUBLICSHARE_DIR="/home/Public"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documentos"
XDG_MUSIC_DIR="/home/Data/Music"
XDG_PICTURES_DIR="/home/Data/Pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="/home/Data/Videos"

Dê uma olhada nos arquivos e diretórios abaixo para alterar padrões para todos os usuários:
/etc/skel
/etc/gnome
/etc/gconf
/etc/alternatives
/etc/xdg

Os programas abaixo podem ser úteis:
http://library.gnome.org/misc/release-notes/2.14/index.html.pt_BR#rnadmins-pessulus
http://library.gnome.org/misc/release-notes/2.14/index.html.pt_BR#rnadmins-sabayon
http://www.gnome.org/projects/sabayon/
http://www.linfo.org/etc_skel.html